Giuseppe Ottavio Pitoni nacque in Rieti in una casa di via Centuroni il 18 marzo 1657 da Vincenzo, dottore legista e da Lucrezia Tedeschi Ferrarese. Non si conoscono le ragioni per cui Vincenzo Pitoni prescelse Roma per nuova dimora, quando il Primogenito Giuseppe Ottavio aveva appena undici mesi. Forse motivi professionali lo indussero ad abbandonare Rieti o ebbe il presagio della fortuna riservata al futuro musicista? Roma infatti sarà per il maestro il campo più propizio alla sua creatività e alla sua gloria. Fanciullo prodigio fin dalla più tenera età dimostrò le sue spiccate attitudini per l’arte. Iniziato a cinque anni allo studio della musica da D. Pompeo Natale, apprese il canto e come era d’uso, le prime regole di contrappunto, facendo così meravigliosi progressi nell’arte che ad otto anni divenne cantore nella chiesa di S. Giovanni de Fiorentini e, poco dopo in quella dei SS. Apostoli, richiamando attenzione dei più quotati maestri con saggi di composizione.

Il continuo contatto con questi maestri non poteva non influire sulla precocità della sua formazione artistica. Francesco Foggia, considerato allora "il sostegno ed il padre della musica e della vera armonia ecclesiastica" ammirando ingegno e le prime composizioni di Giuseppe Ottavio, lo volle alla sua scuola. I genitori acconsentirono ed il giovanotto diede tutto se stesso allo studio con il dotto e sicuro maestro il quale lo volle suo collaboratore in molteplici esecuzioni musicali. In occasione della santificazione di Gaetano da Thiese, i cui solenni festeggiamenti si svolgevano nella chiesa di S. Andrea della Valle, ove il Foggia era direttore di cappella, il Pitoni, riferiscono i suoi biografi, aiutò il suo maestro "contrappunteggiare nel celebre ottavario", componendo alcuni salmi.

Con tale straordinaria disposizione naturale, non è da meravigliarsi che il giovane Pitoni facesse presto parlare di sè e che la fama del suo valore musicale si propagasse in Roma e uscisse anche fuori: sicché vediamo l’artista conteso come maestro di cappella da varie città dell’antico Stato Pontificio. Prima fu Monterotondo, che lo elesse suo maestro di cappella nel 1673, quando aveva appena sedici anni; di lì, l’anno seguente, egli passò con medesimo ufficio, nella Cattedrale di Assisi, che segna una tappa importante nella vita artistica del Maestro. Quivi il Pitoni intraprese, con impegno e costanza, la revisione delle opere del Palestrina stendendole in partitura. Questo studio gli fu di grande profitto ed egli non solo lo benedisse dentro di sé per tutta la sua lunga esistenza, ma lo ritenne l’attività più bella della sua vita ed ai suoi discepoli, nel congedarli, quando erano sufficientemente istruiti, soleva dare questo monito "Ma non lasciate di studiare le opere di Pierluigi".

Con lo studio delle opere del Palestrina si può dire che incominci il vero collaudo del suo valore musicale e della sua carriera artistica che non conoscerà soste nella sua laboriosa esistenza, come Maestro di cappella, come compositore fecondo e provetto, come insegnante dotto e ricercato. Nel 1676, conquistato dalla sua fama, il Capitolo della Cattedrale di Rieti, il 31 Gennaio lo nominò Maestro di cappella con l’annua retribuzione di 60 scudi. A Rieti scrisse la messa "Sorge l’alba in oriente". Ma la città che gli aveva dato i natali doveva purtroppo cederlo, dopo solo 19 mesi, a Roma, ove trovò campo adeguato alla sua instancabile operosità. Il 21 novembre del 1677 infatti, giovane di 20 anni, ma già con un prezioso bagaglio di esperienza e di dottrina, fu eletto maestro nella Collegiata di S. Marco, ufficio che egli conservò per 66 anni, ossia finché visse. A S. Marco fece eseguire le sue prime opere a due e tre cori con lode ed ammirazione dei primi maestri di quel tempo. La vera celebrità non tardò a venire e le principali basiliche di Roma ambirono ad averlo come loro maestro.

Così, nel 1686, fu "Musicae Praefectus" nell’importante Collegio Germanico-Ungarico in S. Apollinare, dove affermò maggiormente il suo talento, facendo eseguire opere a 2-3-4 cori reali, con e senza strumenti, opere ammirate dai romani e dai forestieri. Tenne questo ufficio per 58 anni. Nel 1689 dal Card. Pietro Ottoboni fu nominato maestro della chiesa S. Lorenzo in Damaso, dove rimase per 30 anni. Nell’ottobre 1708, a pieni voti fu eletto maestro della Basilica di S. Giovanni Laterano, incarico che espletò per 11 anni e ½. Anche il Capitolo di S. Maria Maggiore chiamò spontaneamente il Pitoni come successore di Alessandro Scarlatti a maestro della Cappella Liberiana, ma, ringraziando dell’onore concessogli, egli non accettò l’incarico perché incompatibile con i suoi molti impegni. Il 13 settembre del 1719, succedendo a Domenico Scarlatti, trasferitosi a Londra, venne investito dall’alta carica di maestro della Cappella di S. Pietro in Vaticano ed allora rinunziò alla Cappella di S. Giovanni.

Oltre a quelle chiese maggiori il Pitoni, con una attività che aveva del prodigioso, attese contemporaneamente alle cose musicali di altre chiese romane, quali S. Agostino, S. Andrea della Valle, S. Maria in Campitelli, S. Maria della Pace, S. Stefano del Cacco, S. Carlo a Catinari ed altre: si può dire che non vi sia stata chiesa che non abbia goduto o partecipato delle sue composizioni o servizi musicali. Questa molteplicità d’incarichi contribuì a rendere fecondo e proficuo il lavoro del Maestro. Fu 5 su 6 volte primo guardiano, come allora dicevasi, per il solito biennio della Congregazione, oggi Accademia di S. Cecilia, e finché visse, fu uno dei 4 esaminatori dei Maestri. Salito così in altissimo prestigio, come Maestro e come compositore, non solo di Roma ma anche fuori, i suoi giudizi in fatto di musica, accolti come oracoli. In occasione di un concorso svoltosi a Roma per un posto di Maestro di Cappella per la Santa Casa di Loreto, "i concorrenti mossi da pubbliche Notificazione affisse per la città, lavorarono in una stanza, dalle 15 sino ad un’ora di notte, nella Dataria Apostolica. Straordinaria, come compositore, fu la sua fecondità, prerogativa del vero genio: in nessuna delle tante chiese che servì fece cosa che avesse scritta per un’altra e in ogni solennità cambiava composizione.

Lavoratore instancabile, non lasciava passare giorno senza che una nuova composizione arricchisse il suo già amplissimo repertorio. Per questa assiduità e facilità nello scrivere giunse a comporre senza partitura, stendendo tutte le parti una per una, con obblighi di imitazione, di canoni, di risposte, di contrappunti doppi, ecc…

Veniamo ora alla sua produzione: si tratta di oltre 278 messe, di cui 133 a 4voci, 1 a 5 "sinfonie", 104 a 8, 2 a 9 (pro defunctis), 1 a 12, 8 a 16 oltre a 46 messe incomplete a 4 e 8 voci; 14 introiti con kyrie; 207 introiti per messe; 231 graduali; 15 sequenze; 211 offertori; 16 communio; 637 antifone; 255 inni; 789 salmi; 231 cantici; 37 litanie; 24 lamentazioni; 24 responsori; 236 mottetti, ossia 3500 lavori sacri, oltre ad alcuni profani; in più tre oratori (di cui uno in latino ) e i notevoli ed impegnativi lavori teorici e storici. Oltre che sotto l’aspetto di composizione, il Pitoni si presenta anche sotto quello di teorico e storico.

Infatti alla basilica vaticana donò 30 volumi in folio, contenenti i suoi studi di contrappunto e tutte le maniere tenute dai classici di ogni sorte di stile, intitolati "opera dé monumenti" (ossia "movimenti"). Sulla fine di gennaio del 1743 Giuseppe Ottavio Pitoni fu colpito da un’influenza che correva per Roma. Morì dopo pochi giorni di malattia, alle ore 22 del 1 febbraio, giorno in cui era solito fare la musica di S. Ignazio martire in S. Clemente, chiesa del Cardinale Albani. Aveva 86 anni, meno un mese e 17 giorni. La sera del 2, la salma del Maestro fu trasportata nella chiesa parrocchiale di S. Marco; ivi, le solenni esequie celebrate nel giorno seguente con musica eseguita dai cantori delle sue Cappelle, fu sepolto nella sua tomba gentilizia, che è la prima a sinistra di chi entra, come risulta dal registro dei morti della sua parrocchia. Il ritratto del Pitoni esistente nella sala Bossi del conservatorio di musica di Bologna, di cui non si conosce né l’autore né la provenienza, ha la seguente iscrizione: Ottavio Pitoni (sic) Romano(sic),M.ro di S. Pietro in Vaticano.